Nur bestimmte Schmerzsyndrome können chirurgisch behandelt werden. Einige allgemeine proktologische Erkrankunen wie eitrige Infektionen (z. B. Abszesse), Hämorrhoiden (bei Thrombose) und Tumoren (bei Befall der sensiblen Analhaut) führen u. a. auch zu Schmerzen. Sie werden beseitigt durch die Behandlung des Grundleidens.

Spezielle Krankheitsbilder sind:
Analfissur: Der Analhauteinriss heilt u. U. schlecht und führt zu lang anhaltenden teils sehr heftigen Schmerzen. Die Ursache für die Entwicklung einer solchen chronischen Fissur ist noch nicht befriedigend geklärt. Wenn alle konservativen Methoden versagen bleibt der Versuch der Botoxinjektion oder letztlich als sicherste Maßnahme die operative Behandlung mit Ausschneidung des vernarbten Geschwürs (Fissurektomie). Auf die früher empfohlene Einkerbung des verspannten oder vernarbten Schließmuskels (Sphinkterotomie) verzichtet man heute wegen der Spätfolgen.
Proktalgie (Proctalgia fugax) ist eine Erkrankung mit plötzlichen Schmerzattacken anfallsweise und krampfartig im Anal- und Beckenbodenbereich, bei manchen Patienten eher am Tag, bei manchen eher in der Nacht. Die Behandlung beschränkt sich auf Linderung der Schmerzen, da eine Ursache nicht bekannt ist.
Kokzygodynie mit ziehenden, stechenden und brennende Schmerzen in der Steißbeinregion, bes. bei Druck auf das Steißbein. Bei unbekannter Ursache ist auch hier die Behandlung auf Schmerzlinderung beschränkt. Sie bleibt oft unbefriedigend. Versucht werden auch chiropraktische Lockerungen oder als „ultima ratio“ die operative Umschneidung oder Entfernung des Steißbeins.

Der Juckreiz im Analbereich(Pruritus ani), kann sehr quälend und für die Betroffenen auch aus sozialen Gründen sehr unangenehm sein. Als Ursache kommen in Frage:
Analfissur
Hämorrhoiden
Tumoren
Infektionen
Hauterkrankungen
Allergien
Parasiten
Diarrhö
Übertriebene Analhygiene
Ungenügende Analhygiene
Psychische Erkrankungen

Der Proktologen muss die Krankheiten erkennen, deren Ursache er beseitigen kann. Sinnvoll ist hier die Absprache mit dem Dermatologen.